2016年9月14日，国务院印发《国务院关于同意新增部分县（市、区、旗）纳入国家重点生态功能区的批复》（国函〔2016〕161号），新疆维吾尔自治区乌什县等17个县（市）新增纳入国家重点生态功能区。
2015年4月，国家发展改革委印发《关于开展国家重点生态功能区范围调整工作的通知》（发改办规划〔2015〕805号），启动省（区、市）国家级重点生态功能区范围调整工作。在自治区党委、人民政府的安排部署下，自治区发展改革委坚持突出优势、规模连片、试点示范的原则，在客观真实评价生态系统空间特征、生态敏感性和生态系统服务功能重要性等因素，综合兼顾资源分布、产业布局和可持续发展的基础上，将符合条件的自治区级重点生态功能区上报申请新增纳入国家级重点生态功能区范围。经国家发展改革委组织评审并报国务院批准，我区乌什县、柯坪县、疏附县、疏勒县、和田县、博乐市、温泉县、博湖县、巩留县、新源县、昭苏县、特克斯县、尼勒克县、塔城市、额敏县、托里县、裕民县等17个新增纳入国家级重点生态功能区。目前，新疆维吾尔自治区国家级重点生态功能区县（市）新增至45个，占全区县（市）数量的48.9%。
推进重点生态功能区建设，对于全面贯彻落实绿色发展理念，推进全区生态文明制度建设，促进经济发展绿色化，保持经济社会持续健康发展，具有重要意义。《国务院关于同意新增部分县（市、区、旗）纳入国家重点生态功能区的批复》（国函〔2016〕161号）对国家重点生态功能区发展提出明确要求：一是地方各级人民政府、各有关部门要牢固树立绿色发展理念，加强生态保护和修复，根据国家重点生态功能区定位，合理调控工业化城镇化开发内容和边界，保持并提高生态产品供给能力；二是各有关部门要加大对国家重点生态功能区的财政、投资等政策支持力度，进一步增加相关预算规模，充分调动各地建设重点生态功能区的积极性；三是地方各级人民政府要严格实行重点生态功能区产业准入负面清单制度，新纳入的县（市、区）要尽快制定产业准入负面清单，确保在享受财政转移支付等优惠政策的同时，严格按照主体功能区定位谋划经济社会发展；四是国家发展改革委将会同有关部门对相关县（市、区）国家重点生态功能区保护和建设情况开展定期监督检查，建立相应激励和惩戒机制；进一步规范国家重点生态功能区范围调整标准和程序，推进国家重点生态功能区范围调整工作制度化和规范化。
